１ 原則
課税標準を計算する場合において、不動産所得の金額、事業所得の金額、山林所得の金額又は譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額（措置法により分離課税とされるものを除く。）があるときは、一定の順序により、これを他の各種所得の金額（措置法により分離課税とされるものを除く。）から控除する。
２ 生活に通常必要でない資産に係る所得の特例
損益通算の対象となる損失の金額のうちに、生活に通常必要でない資産に係る所得の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、その損失の金額は生じなかったものとみなす。
ただし、競走馬（事業用を除く。）の譲渡に係る譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額は、その競走馬の保有に係る雑所得の金額から控除し、控除しきれないものは生じなかったものとみなす。
３ 不動産所得に係る特例
不動産所得の金額の計算上生じた損失の金額のうちに、不動産所得を生ずべき業務の用に供する土地等を取得するために要した負債の利子の額があるときは、その損失の金額のうちその負債の利子の額相当額は生じなかったものとみなす。
４ 特定組合員等の不動産所得に係る特例
特定組合員等に該当する居住者が、その組合等から生ずる不動産所得の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、その損失の金額は生じなかったものとみなす。
５ 損益通算の順序
損益通算は、次の順序により行う。
(1) 不動産所得の金額又は事業所得の金額の計算上生じた損失の金額は、これをまず経常所得の金額から控除する。
(2) 譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額は、これをまず一時所得の金額から控除する。
(3) (1)の場合において、控除しきれない損失の金額は、これを譲渡所得の金額及び一時所得の金額（(2)の控除後の金額）から順次控除する。
(4) (2)の場合において、控除しきれない損失の金額は、これを経常所得の金額（(1)の控除後の金額）から控除する。
(5) (1)から(4)までの場合において、なお控除しきれない損失の金額は、これを山林所得の金額から控除し、控除しきれない損失の金額は、退職所得の金額から控除する。
(6) 山林所得の金額の計算上生じた損失の金額は、これをまず経常所得の金額（(1)又は(4)の控除後の金額）から控除し、控除しきれない損失の金額は、譲渡所得の金額及び一時所得の金額（(2)又は(3)の控除後の金額）から順次控除し、なお控除しきれない損失の金額は退職所得の金額（(5)の控除後の金額）から控除する。
（注１）経常所得の金額とは、利子所得の金額、配当所得の金額、不動産所得の金額、事業所得の金額、給与所得の金額及び雑所得の金額をいう。
（注２）(3)、(6)において、譲渡所得の金額のうちに短期保有に係るものと長期保有に係るものがあるときは、短期保有に係るものから控除する。
６ 変動所得の損失等の損益通算
上記５の場合において、不動産所得の金額、事業所得の金額又は山林所得の金額の計算上生じた損失の金額のうちに変動所得の損失の金額、被災事業用資産の損失の金額又はその他の損失の金額の2以上があるときは、まず、その他の損失の金額を控除し、次に被災事業用資産の損失の金額及び変動所得の損失の金額を順次控除する。
