１．仕入れに係る消費税額の控除
事業者（免税事業者を除く。）が国内において行う課税仕入れ又は保税地域から引き取る課税貨物については、次に掲げる場合の区分に応じそれぞれに定める日の属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から、その課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額（その課税仕入れに係る支払対価の額に１０５分の４を乗じて算出した金額をいう。以下同じ。）及びその課税期間における保税地域からの引き取りにかかる課税貨物（他の法律等により消費税が免除されるものを除く。以下同じ。）につき課された又は課されるべき消費税額（付帯税の額に相当する額を除く。以下同じ。）の合計額を控除する。
（１）国内において課税仕入れを行った場合
課税仕入れを行った日
（２）一般申告課税貨物につき申告書を提出した場合
一般申告課税貨物を引き取った日
（３）保税地域から引き取る課税貨物につき特例申告書を提出した場合（特例申告に関する決定があった場合を含む。）
特例申告書を提出した日又は特例申告に関する決定の通知を受けた日
２．課税売上割合が９５%未満の場合
１の場合において、１の課税期間における課税売上割合が１００分の９５に満たないときは、１の規定により控除する課税仕入れに係る消費税額及び保税地域からの引き取りにかかる課税貨物につき課された又は課されるべき消費税額（以下「課税仕入れ等の税額」という。）の合計額は、１の規定にかかわらず、次に掲げる場合の区分に応じそれぞれに定める方法により計算した金額とする。
（１）区分経理している場合
その課税期間中に国内において行った課税仕入れ及びその課税期間における保税地域からの引き取りにかかる課税貨物につき、課税資産の譲渡等にのみ要するもの、その他の資産の譲渡等にのみ要するもの及び課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するものにその区分が明らかにされている場合は、①の方法により計算する。
なお、上記の区分がされている場合であっても②の方法により計算することができる。
①個別対応方式
イに掲げる金額にロに掲げる金額を加算する方法をいう。
イ．課税資産の譲渡等にのみ要する課税仕入れ及び課税貨物に係る課税仕入れ等の税額の合計額
ロ．課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要する課税仕入れ及び課税貨物に係る課税仕入れ等の税額の合計額に課税売上割合を乗じて計算した金額
②一括比例配分方式
その課税期間における課税仕入れ等の税額の合計額に課税売上割合を乗じて計算する方法をいう。
（２）区分経理していない場合
（１）②の方法による。
３．課税売上割合に準ずる割合
個別対応方式による場合において、課税売上割合に準ずる割合（その割合が、その事業者の営む事業の種類等の異なるごとに区分して算出したものである場合には、その区分して算出したそれぞれの割合。以下同じ。）で次に掲げる要件のすべてに該当するものがあるときは、個別対応方式のロに掲げる金額は、その事業者の次の（２）に規定する承認を受けた日の属する課税期間以後の課税期間については、課税売上割合に代えて、その割合を用いて計算した金額とする。
ただし、その割合を用いて計算することをやめようとする旨を記載した届出書を提出した日の属する課税期間以後の課税期間については、この限りでない。
（１）その割合がその事業者の営む事業の種類またはその事業にかかる費用の種類に応じて合理的に算定されるものであること
（２）その割合を用いて個別対応方式により計算することにつき、その納税地の所轄税務署長の承認を受けたものであること。
４．一括比例配分方式の継続適用
一括比例配分方式により計算することとした事業者は、その方法により計算することとした課税期間の初日から同日以後２年を経過する日までの間に開始する各課税期間においてその方法を継続して適用した後の課税期間でなければ、個別対応方式により計算することはできない。
５．帳簿等の保存
この規定は、事業者がその課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等（注）を保存しない場合には、その保存がない課税仕入れ又は課税貨物に係る課税仕入れ等の税額については、適用しない。
ただし、災害その他やむをえない事情により、その保存をすることができなかったことをその事業者において証明した場合は、この限りでない。
（注）課税仕入れに係る支払対価の額の合計額が３万円未満の場合又は３万円以上である場合においても請求書等の交付を受けられなかったことにつき、やむを得ない理由があるときは、帳簿。
６．保存期間
１の規定の適用を受けようとする事業者は、５に規定する帳簿及び請求書等を整理し、その帳簿についてはその閉鎖の日の属する課税期間の末日の翌日、その請求書等についてはその受領した日の属する課税期間の末日の翌日から２月を経過した日から７年間、これを納税地又は事務所等の所在地に保存しなければならない。
ただし、一定の書類又は帳簿については、課税期間の末日の翌日から２月を経過した日から５年間を超えて保存することを要しない。
なお、課税期間の末日の翌日から２月を経過した日から５年を経過した日以後の期間における保存は、財務大臣の定める方法によることができる。
７．簡易課税の適用を受ける場合の不適用
この規定は、簡易課税制度の規定の適用を受ける場合には適用されない。
